卢仲毅主要从事凝聚态物质的电子结构研究和计算方法发展，在铁基超导和量子多体理论等研究方面取得了一批有原创性的成果：提出了铁基超导的反铁磁超交换作用机理，正确预言了母体的反铁磁半金属特性，确认了FeTe和K2Fe3Se4的反铁磁长程序及电子结构；明确了铁磁金属层中量子阱态的共振隧穿等输运性质；提出了自然轨道重正化群方法，并应用于多自由度的量子杂质系统研究；用多体场论方法研究了几种自旋链系统的奇异特性。
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